一是这套邮票设计者在创作时是按一套4枚设计的，如今改为了一套3枚，而能够让人们直观“南麂列岛”名称由来的那幅鸟瞰南麂列岛的图稿不知为何没被采用？其实，在集邮者眼里是应该保留这一枚的，整体与局部的搭配，既是对南麂列岛地形、方位、全貌的展示，也是对其他3枚邮票的补充与说明，舍弃它非常遗憾。
二是欣赏这套邮票，人们毫无疑问地会认为邮票左下方的“贝类藻类”一定产自于南麂列岛，而设计者在一篇“设计专访”里的一席话则令人大跌眼镜。他说：“南麂列岛有‘贝藻王国’之称，这里是一些贝类和藻类的模式产地。为了突出该保护区的特色，强调科学性，我在构图上用近一半的图幅展示了一些贝类和藻类。需要说明的一点是，邮票图案上的这些贝类和藻类，并不都是我提到过的模式产地在南麂列岛的那些种类。”既然要突出该保护区的特色，强调科学性，为何展示的这些贝类藻类的模式产地又并非都在南麂列岛？是牵强附会，还是自相矛盾？如此这般，容易造成集邮者的误读和歧义，邮票的客观性和科学性无疑打了些折扣。
三是2006年10月，我国正式发布了自然保护区区徽，南麂列岛是我国国家级海洋自然保护区，也被列入了联合国教科文组织世界生物圈保护区。而像许多自然保护区邮票一样，在《南麂列岛自然保护区》邮票上依然没有印制“自然保护区区徽”，是保护知识产权，还是另有其它原因？不得而知。不过，没有印制“自然保护区区徽”的自然保护区邮票总归是缺了点什么，十分令人遗憾。